2024년 현재 주말리그에 참가하고 있는 고교야구 구단은 정확히 100개다. 물론 그 중에는 부산 경남고와 대구 경북고, 광주 제일고, 천안 북일고, 군산상고, 덕수고, 서울고, 휘문고 등 많은 스타선수들을 배출한 전통의 명문고들도 많다. 하지만 주말리그가 활성화되면서 운영에 어려움을 겪던 기존 고교 야구부 일부가 스포츠 클럽 형태로 전환하고 엘리트 선수의 비중이 적은 팀들이 기존 엘리트 야구부들과 심한 전력 차이를 보이기도 한다.
특히 올해 주말리그 전반기에서 이 같은 전력편차는 더욱 극심하게 드러났다. 실제로 지난 3월 30일에는 도개고가 대구북구SC를 36-0으로 이겼고 다음 날에는 수원의 유신고가 화성동탄BC를 무려 45-0으로 꺾기도 했다. 프로진출을 목표로 체계적인 시스템 속에서 야구부를 운영하는 학교와 방과 후 활동의 일환으로 야구를 하는 클럽의 수준차이가 나는 것은 당연하지만 이 문제는 분명 대한야구소프트볼협회에서 심각하게 고민해야 할 부분이다.
하지만 주말리그에 참가하는 것조차 부러워하는 야구부도 있다. 바로 2016년부터 주말리그 참가조차 하지 못하고 있는 청각장애를 가진 학생들로 구성된 충주성심학교 야구부다. 현재 충주성심학교 야구부는 주말리그에 출전하지 못하고 농아인 야구대회에만 참가하고 있지만 이들도 한때 전국대회 1승을 목표로 한 적이 있었다. 2011년에 개봉한 강우석 감독의 <글러브>는 충주성심학교 야구부를 모델로 만든 휴먼 스포츠 드라마다.