*이 기사엔 스포일러가 있습니다.
인간 몸속에 가둬진 외계인 죄수 설계자의 탈옥을 막으려다 고려시대에 갇혀버린 이안(김태리). 우여곡절 끝에 시간의 문을 여는 신검을 되찾은 그녀는 썬더(김우빈)을 찾아 미래로 돌아가려 한다.
하지만 미래로 가는 길은 멀기만 하다. 과거 이안을 구해준 은인 무륵(류준열)은 자기 몸속에서 느껴지는 이상한 존재에 관해 묻기 위해 그녀를 찾는다. 삼각산 신선 흑설(염정아)과 청운(조우진)은 무륵 몸속에 요괴가 깃들었다고 의심한다. 신검을 찾아 눈을 고치려는 맹인 도사 능파(진선규)와 설계자와 함께 미래로 돌아가려는 자장(김의성)도 이안을 뒤쫓는다.
그 사이 2023년 서울은 설계자가 터뜨린 외계물질 하바 때문에 혼란에 빠지고, 우연히 외계인의 정체를 확인한 민개인(이하늬)은 더 큰 사고를 막기 위해 동분서주하기 시작한다. 모든 하바가 터지기 48분 전, 드디어 과거로부터 시간의 문이 열리고 세계의 운명은 이안의 손에 떨어진다.