'초전에 박살났어! 그놈들은 인간백정들이었어!'송파보안사에 끌려간 그는 야구방망이로 온몸을 구타당하고 전기고문 2차례, 거꾸로 매달고 고춧가루 코에 붓기 5차례 등 일주일 동안 고문을 받으며 허위자백과 수배자 은신처 위치를 요구받았다고 한다. 군사정권은 5.3 인천 투쟁의 배후로 서노련(서울노동운동연합)을 지목했고 김문수는 서노련 지도위원이었다. 당시 민주진영의 기관지 역할을 했던 <민중의 소리> 17호(발행인 문익환)는 '보안사, 살인적 고문으로 민중 민주화 운동탄압'이라는 제목을 달고 김문수 지도위원의 고문 내용을 생생하게 적었다.